「新隊員入職訓練課程為期約5至6個月，總時數為100小時。為方便新學員參與訓練，每期的新隊員入職訓練課程會以「雙模式」進行，即同時安排平日班及周末班。
平日班多安排於平日晚上進行訓練（一個星期不多於兩晚，時間是晚上7時至10時），訓練地點主要在醫療輔助隊總部（地址︰九龍何文田公主道81號），亦有少部分課程（約4次）安排在周末或公眾假期舉行。
周末班則多安排於周末進行訓練（時間是上午9時至下午5時或下午2時至晚上10時），訓練地點包括醫療輔助隊總部和其他訓練中心，亦有少部分課程安排在平日晚上(時間是晚上7時至10時）舉行。
新隊員入職訓練課程內容包括本隊組織概略、國家安全教育、急救、紀律、步操、傷者處理、感染控制、如何保障個人資料及病人私隱等。」
如成功申請加入本隊並接受新隊員訓練，本隊會在開學日前向學員發出入職訓練課程時間表，學員可按照時間表相應地安排自己的日程。 如學員因要事不能出席訓練，可預先通知班主任申請調堂，但申請成功與否視乎當時課程編排而定。 學員必須達到課程指定的最低出席率要求，通過評核，以及整體表現令人滿意才可畢業。
新隊員在完成訓練課程正式入隊後會被派駐不同區域，並須繼續出席每月約10小時的常規訓練（一般為每月兩個星期日的上午（每次4小時）和一個平日的晚上（2小時）），進一步學習醫療急救知識和技巧，例如傷者撤離、災難醫療等。訓練中心及場地範圍覆蓋港九新界，包括離島，本隊會盡量安排隊員在住所附近接受常規訓練。另外，隊員亦可按照自己的時間，選擇是否接受其他中央訓練課程，例如︰駕駛、領袖訓練、管理學課程、拯溺、美沙酮診所管理課程等。