新队员入职训练课程为期约5至6个月，总时数为100小时。为方便新学员参与训练，每期的新队员入职训练课程会以「双模式」进行，即同时安排平日班及周末班。
平日班多安排于平日晚上进行训练（一个星期不多于两晚，时间是晚上7时至10时），训练地点主要在医疗辅助队总部（地址︰九龙何文田公主道81号），亦有少部分课程（约4次）安排在周末或公众假期举行。
周末班则多安排于周末进行训练（时间是上午9时至下午5时或下午2时至晚上10时），训练地点包括医疗辅助队总部和其他训练中心，亦有少部分课程安排在平日晚上(时间是晚上7时至10时）举行。
新队员入职训练课程内容包括本队组织概略、国家安全教育、急救、纪律、步操、伤者处理、感染控制、如何保障个人资料及病人私隐等。
如成功申请加入本队并接受新队员训练，本队会在开学日前向学员发出入职训练课程时间表，学员可按照时间表相应地安排自己的日程。 如学员因要事不能出席训练，可预先通知班主任申请调堂，但申请成功与否视乎当时课程编排而定。 学员必须达到课程指定的最低出席率要求，通过评核，以及整体表现令人满意才可毕业。
新队员在完成训练课程正式入队后会被派驻不同区域，并须继续出席每月约10小时的常规训练（一般为每月两个星期日的上午（每次4小时）和一个平日的晚上（2小时）），进一步学习医疗急救知识和技巧，例如伤者撤离、灾难医疗等。训练中心及场地范围覆盖港九新界，包括离岛，本队会尽量安排队员在住所附近接受常规训练。另外，队员亦可按照自己的时间，选择是否接受其他中央训练课程，例如︰驾驶、领袖训练、管理学课程、拯溺、美沙酮诊所管理课程等。